MARCADORES GENÉTICOS MOLECULARES, Tareas

MARCADORES GENÉTICOS MOLECULARES (FIT-616). Tareas

DR. HUMBERTO REYES VALDÉS

Nota importante: Cuando alguna de las tareas involucre investigación bibliográfica, considere lo siguiente:

Si alguna de las fuentes se encontró en la internet, debe provenir de una revista científica con arbitraje o bien del sitio de una institución científica autorizada.
No quiero que me entreguen puros “printouts” de lo que encuentren en la internet. Sus investigaciones deberán estar organizadas de acuerdo con el objetivo de la búsqueda, y deberán incluir comentarios y conclusiones propias.
Se pueden incluir imágenes, siempre y cuando estén bien ubicadas en su reporte.
Las tareas se me entregarán en papel, a menos que especifique lo contrario.

Fecha de entrega: Febrero 5, 2008
1. Para un DNA de doble cadena, ¿cuáles de los siguientes cocientes de bases son siempre igual a 1? Demuéstrelo para el caso general.
  1. A/T
  2. (A+G)/(C+T)
  3. (A+T)/(G+C)
  4. (A+C)/(G+T)
  5. C/G
  6. (G+T)/(A+C)
  7. T/G
  8. (T X G)/(A X C)
  9. (T XA)/(T²)
2. La siguiente secuencia de cadena codificate es la parte inicial de un gen de Agrobacterium tumefasciens: 5' ATGTCTGGACGTAAAGCGAGAATCATGTTGTATCTTTGGCGGGCTTTGGGCGGCAAACCGAACCTTGCCC GCCAAGGG3'
  1. Anote la secuencia de la cadena templete
  2. Anote la secuencia del mRNA
  3. Escriba una lista de los anticodones respectivos, cada uno en dirección 5' - 3'
  4. Anote la secuencia de aminoácidos de acuerdo con el código genético estándar. Utilice el código de una letra para nombrar aminoácidos.
Fecha de entrega: Febrero 19, 2008
Consulte acerca de la "Taq Polimeras": origen, estructura, usos, marcas comerciales y precios
Fecha de entrega: Febrero 26, 2008
Defina los siguientes términos:
1. Patrón de lectura abierto "ORF" (open reading frame)
2. Replicón
3. Lectura de prueba (proof reading)
4. Origen de replicación
5. Telomerasa
6. Transcriptasa reversa
7. Transposón
8. Retrovirus
9. Exonucleasa
10. Taq polimerasa
11. Pirosecuenciación
12. MPSS
(Fecha de entrega: Jueves 13 de marzo de 2008)
Localice en el Servidor INDIO la secuencia completa del cromosoma 1 de Arabidopsis thaliana. Con base en la misma, resuelva los siguientes planteamientos (todos los puede resolver con el uso de un procesador de palabras).
1. Determine el porcentaje de G + C
2. Suponga que se utilizan los iniciadores anotados abajo:
  1. 5'-tccttagccaaaaggattggtgg (forward)
  2. 5'-tgacttctcaatttggggggtgg (reverse)
3. Anote la secuencia que se produciría por PCR, siempre y cuando sea menor de 2Kb
4. ¿Cuál es la longitud del producto y cuál es su porcentaje de G+C?
(Fecha de entrega: 22 de abril de 2008)
1. Considere los patrones de RFLPs para las líneas homocigotas 1 y 2 respectivamente:
  1. Dibuje el patrón electroforético esperado para la autofeundación de la Línea 1
  2. Dibuje el patrón electroforético esperado para la autofeundación de la Línea 2
  3. Dibuje el patrón electroforético esperado para el cruzamiento Línea 1 X Línea 2
  4. ¿Cuáles son los patrones electroforéticos esperados en la F₂ y cuáles sus frecuencias?
  5. ¿Cuáles son los patrones electroforéticos esperados para la retrocruza de la F₁ hacia la Línea 1 y cuáles sus frecuencias?
  6. ¿Cuáles son los patrones electroforéticos esperados para la retrocruza de la F₁ hacia la Línea 2 y cuáles sus frecuencias?
2. El siguiente arreglo representa 80 genotipos detectados con RFLPs en una muestra aleatoria de una población de polinización libre. El alelo A1 es la banda superior y el alelo A2 es la banda inferior.
  {{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2}}
  1. Estime las frecuencias de los alelos A1 y A2
  2. Haga un cuadro de frecuencias observadas y esperadas de los genotipos con respecto al equilibrio de Hardy-Weinberg
  3. Someta a prueba la hipótesis de que la población está en equilibrio de Hardy-Weinberg para este RFLP. Use una Ji cuadrada de bondad de ajuste.
3. Esta imagen contiene una serie de patrones de AFLPs. Construya una matriz de ceros y unos, donde las columnas son los carriles y los renglones son bandas de cada tamaño. Anote únicamente los renglones de bandas polimórficas. En los casos en que la presencia/ausencia de banda sea dudosa, anote un signo de interrogación. No incluya los carriles con M pues son marcadores de tamaño.